阿米巴經營原理主要分為經營哲學、組織劃分和經營會計三大部分。經營哲學作為指導理念，提倡“人人都是經營者”，引導企業上下一心共同經營企業。

阿米巴經營通過組織劃分將企業分成小的阿米巴，培養具有管理意識的領導，讓每個阿米巴獨立經營。用經營會計協助全體員工參與的經營管理，從而實現“全員參與”的賦權式經營方式，同時讓經營者通過會計核算報表能夠及時、清楚地掌握企業經營情況，這些就是阿米巴經營原理的主要內容。

阿米巴經營是把公司分成若干個小阿米巴，以領導為核心，全體成員共同參與經營，通過會議通報等形式向全體員工公開有關阿米巴以及公司的經營情況等重要信息。通過盡可能地公開企業信息，營造全體員工主動積極參與經營的氛圍，體現“人人都是經營者”這一經營原則，最終使全體員工共同參與經營成為可能。

全體員工如果都能積極地參與經營，在各自的崗位為自覺的阿米巴經營甚至為公司整體做出貢獻，那么員工就不僅僅是一個單純的工人，而是成為具有經營意識的工作伙伴。當阿米巴領導及其成員自己制訂目標并為實現這一目標而感到工作的意義，那么全體員工就能在工作中找到樂趣和榮譽感，并努力工作追求大限度地提高個人能力，茁壯成長。